Présentation
DUP est une base de données qui référence l’ensemble des protéines urinaires normales décrites dans les articles d’analyse protéomique. Actuellement DUP contient plus de 1800 protéines non redondantes observées dans au moins 1 des 12 publications étudiées. DUP contient des informations générales comme le nom de la protéine ou sa masse moléculaire, des informations sur la description la protéine ainsi que sur sa séquence; le lien avec les articles cités est également disponible interactivement. La liste des protéines urinaires normales peut être visualisée à l’aide d’une interface web facile d’utilisation. Plusieurs outils facilitent l’interrogation de la base de données : deux outils permettent de rechercher une protéine à partir de son numéro d’accession SwissProt/IPI, de mot-clé ou par similarité de séquence. L’ensemble des protéines peut être représenté sous la forme d’un gel 2D virtuel à l’aide d’un outil graphique interactif. La base de données DUP est aujourd’hui, la seule base de données permettant une vision globale du protéome urinaire et pourrait servir de référence pour l’identification de biomarqueurs urinaires dans diverses maladies rénales.
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