{"id":376,"date":"2018-05-25T17:01:39","date_gmt":"2018-05-25T15:01:39","guid":{"rendered":"http:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/?page_id=376"},"modified":"2024-07-04T14:34:05","modified_gmt":"2024-07-04T12:34:05","slug":"outils","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/fr\/outils\/","title":{"rendered":"Logiciels"},"content":{"rendered":"<div class='white' style='background:rgba(0,0,0,0); border:solid 0px rgba(0,0,0,0); border-radius:0px; padding:0px 0px 0px 0px;'>\n<div id='slider_research' class='owl-carousel sa_owl_theme ' data-slider-id='slider_research' style='visibility:hidden;'>\n<div id='slider_research_slide02' class='sa_hover_container' style='padding:0% 0%; margin:0px 0%; min-height:0px; '><p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-407\" style=\"margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; border-radius: 6px;\" src=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/IMG_4504-1.jpg\" alt=\"\" width=\"1800\" height=\"387\" \/><\/p><\/div>\n<div id='slider_research_slide03' class='sa_hover_container' style='padding:0% 0%; margin:0px 0%; min-height:0px; '><p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-407\" style=\"margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; border-radius: 6px;\" src=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/PERRIN_IMG2.jpg\" alt=\"\" width=\"1800\" height=\"387\" \/><\/p><\/div>\n<div id='slider_research_slide01' class='sa_hover_container' style='padding:0% 0%; margin:0px 0%; min-height:0px; '><p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-407\" style=\"margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; border-radius: 6px;\" src=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/PERRIN_IMG7-copie-2-e1492521950757.jpg\" alt=\"\" width=\"1799\" height=\"387\" \/><\/p><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<script type='text\/javascript'>\n\tjQuery(document).ready(function() {\n\t\tjQuery('#slider_research').owlCarousel({\n\t\t\titems : 1,\n\t\t\tanimateOut : 'fadeOut',\n\t\t\tsmartSpeed : 3000,\n\t\t\tautoplay : true,\n\t\t\tautoplayTimeout : 7000,\n\t\t\tautoplayHoverPause : false,\n\t\t\tsmartSpeed : 3000,\n\t\t\tfluidSpeed : 3000,\n\t\t\tautoplaySpeed : 3000,\n\t\t\tnavSpeed : 3000,\n\t\t\tdotsSpeed : 3000,\n\t\t\tloop : true,\n\t\t\tnav : false,\n\t\t\tnavText : ['Previous','Next'],\n\t\t\tdots : false,\n\t\t\tresponsiveRefreshRate : 200,\n\t\t\tslideBy : 1,\n\t\t\tmergeFit : true,\n\t\t\tautoHeight : false,\n\t\t\tmouseDrag : false,\n\t\t\ttouchDrag : false\n\t\t});\n\t\tjQuery('#slider_research').css('visibility', 'visible');\n\t\tvar owl_goto = jQuery('#slider_research');\n\t\tjQuery('.slider_research_goto1').click(function(event){\n\t\t\towl_goto.trigger('to.owl.carousel', 0);\n\t\t});\n\t\tjQuery('.slider_research_goto2').click(function(event){\n\t\t\towl_goto.trigger('to.owl.carousel', 1);\n\t\t});\n\t\tjQuery('.slider_research_goto3').click(function(event){\n\t\t\towl_goto.trigger('to.owl.carousel', 2);\n\t\t});\n\t\tvar resize_965 = jQuery('.owl-carousel');\n\t\tresize_965.on('initialized.owl.carousel', function(e) {\n\t\t\tif (typeof(Event) === 'function') {\n\t\t\t\twindow.dispatchEvent(new Event('resize'));\n\t\t\t} else {\n\t\t\t\tvar evt = window.document.createEvent('UIEvents');\n\t\t\t\tevt.initUIEvent('resize', true, false, window, 0);\n\t\t\t\twindow.dispatchEvent(evt);\n\t\t\t}\n\t\t});\n\t});\n<\/script>\n\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h1 class=\"bigtitleHOne\">L&rsquo;unit\u00e9 Sys2Diag a d\u00e9velopp\u00e9 diff\u00e9rents outils informatiques qu&rsquo;elle met \u00e0 disposition pour une utilisation non commerciale.<\/h1>\n<hr>\n<h3 style=\"color: #b550b1;\"><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/pepop\/\"> <span class=\"label label-primary \">En cliquant ici<\/span><\/a> &gt; Utiliser PEPOP<\/h3>\n<p>Pr\u00e9diction de peptides antig\u00e9niques et\/ou immunog\u00e9niques (<b style=\"color: #346db0;\">PEPOP<\/b> Moreau et al., 2008)): des peptides repr\u00e9sentatifs de la prot\u00e9ine d&rsquo;int\u00e9r\u00eat sont pr\u00e9dits \u00e0 partir de sa structure 3D. Ces peptides peuvent servir \u00e0 localiser un \u00e9pitope, obtenir des Acs ciblant une zone particuli\u00e8re de la prot\u00e9ine, obtenir des paires d\u2019anticorps ciblant deux zones disctinctes d\u2019une mol\u00e9cule afin de d\u00e9velopper un immunodosage en sandwich, etc.<\/p>\n<hr>\n<h3 style=\"color: #b550b1;\"><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/dup\/\"> <span class=\"label label-primary \">En cliquant ici<\/span><\/a> &gt; Utiliser DUP<\/h3>\n<p><b style=\"color: #346db0;\">DUP<\/b> est une base de donn\u00e9es qui r\u00e9f\u00e9rence l\u2019ensemble des prot\u00e9ines urinaires normales d\u00e9crites dans les articles d\u2019analyse prot\u00e9omique. Actuellement <b style=\"color: #346db0;\">DUP<\/b> contient plus de 1800 prot\u00e9ines non redondantes observ\u00e9es dans au moins 1 des 12 publications \u00e9tudi\u00e9es. <b style=\"color: #346db0;\">DUP<\/b> contient des informations g\u00e9n\u00e9rales comme le nom de la prot\u00e9ine ou sa masse mol\u00e9culaire, des informations sur la description la prot\u00e9ine ainsi que sur sa s\u00e9quence; le lien avec les articles cit\u00e9s est \u00e9galement disponible interactivement. La liste des prot\u00e9ines urinaires normales peut \u00eatre visualis\u00e9e \u00e0 l\u2019aide d\u2019une interface web facile d\u2019utilisation. Plusieurs outils facilitent l\u2019interrogation de la base de donn\u00e9es : deux outils permettent de rechercher une prot\u00e9ine \u00e0 partir de son num\u00e9ro d\u2019accession SwissProt\/IPI, de mot-cl\u00e9 ou par similarit\u00e9 de s\u00e9quence. L\u2019ensemble des prot\u00e9ines peut \u00eatre repr\u00e9sent\u00e9 sous la forme d\u2019un gel 2D virtuel \u00e0 l\u2019aide d\u2019un outil graphique interactif. La base de donn\u00e9es <b style=\"color: #346db0;\">DUP<\/b> est aujourd\u2019hui, la seule base de donn\u00e9es permettant une vision globale du prot\u00e9ome urinaire et pourrait servir de r\u00e9f\u00e9rence pour l\u2019identification de biomarqueurs urinaires dans diverses maladies r\u00e9nales.<\/p>\n<hr>\n<h3 style=\"color: #b550b1;\"><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/fr\/outils\/sili2dgel\/\"><span class=\"label label-primary \">En cliquant ici<\/span><\/a> &gt; Acc\u00e8der \u00e0 la page Sili2DGel<\/h3>\n<p><b style=\"color: #346db0;\">Sili2DGel <\/b> est un algorithme pour l\u2019alignement automatique des points qui utilise les donn\u00e9es de l\u2019appariement r\u00e9cursif du gel et renvoie des positions d\u2019alignement des points significatives (SAP) pour un ensemble donn\u00e9 de gels. Il est bas\u00e9 sur la th\u00e9orie des graphes dans laquelle les donn\u00e9es sont repr\u00e9sent\u00e9es par un graphique et SAP par des sous-graphiques sp\u00e9cifiques. Les r\u00e9sultats sont renvoy\u00e9s sous diff\u00e9rentes formes (gel synth\u00e9tique cliquable, fichier texte, etc.). Pour ex\u00e9cuter Sili2DGel, vous devez installer JRE. Sili2DGel a besoin d\u2019un fichier de r\u00e9sultat d\u2019alignement r\u00e9cursif (fichier tabulaire de ce formulaire) et d\u2019un fichier de coordonn\u00e9es ponctuelles (fichier tabulaire de ce formulaire). Le gamma est compris entre 0 et 1; la force est comprise entre 0 et 2.<\/p>\n<hr>\n<h3 style=\"color: #b550b1;\"><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/fr\/outils\/bionetcad\/\"><span class=\"label label-primary \">En cliquant ici<\/span><\/a> &gt; Acc\u00e8der \u00e0 la page BioNetCAD<\/h3>\n<p><b style=\"color: #346db0;\">BioNetCAD<\/b> est un outil de conception assist\u00e9e par ordinateur pour la biologie synth\u00e9tique se pr\u00e9sentant sour la forme d\u2019un plugin de CellDesigner (http:\/\/www.celldesigner.org\/). BioNetCAD permet la conception de r\u00e9seaux biochimiques abstraits qui peuvent \u00eatre impl\u00e9ment\u00e9s gr\u00e2ce \u00e0 CompuBioTicDB, une base de donn\u00e9es de composants pour la biologie synth\u00e9tique. BioNetCAD permet aussi de r\u00e9aliser des simulations avec le logiciel Hsim ( https:\/\/www.lri.fr\/~pa\/Hsim\/index.html).<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>&nbsp; L&rsquo;unit\u00e9 Sys2Diag a d\u00e9velopp\u00e9 diff\u00e9rents outils informatiques qu&rsquo;elle met \u00e0 disposition pour une utilisation non commerciale. 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