{"id":392,"date":"2018-05-25T17:37:10","date_gmt":"2018-05-25T15:37:10","guid":{"rendered":"http:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/?page_id=392"},"modified":"2020-04-24T12:10:38","modified_gmt":"2020-04-24T10:10:38","slug":"sili2dgel","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/fr\/outils\/sili2dgel\/","title":{"rendered":"Sili2DGel"},"content":{"rendered":"<p><div class='white' style='background:rgba(0,0,0,0); border:solid 0px rgba(0,0,0,0); border-radius:0px; padding:0px 0px 0px 0px;'>\n<div id='slider_research' class='owl-carousel sa_owl_theme ' data-slider-id='slider_research' style='visibility:hidden;'>\n<div id='slider_research_slide01' class='sa_hover_container' style='padding:0% 0%; margin:0px 0%; min-height:0px; '><p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-407\" style=\"margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; border-radius: 6px;\" src=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/PERRIN_IMG7-copie-2-e1492521950757.jpg\" alt=\"\" width=\"1799\" height=\"387\" \/><\/p><\/div>\n<div id='slider_research_slide03' class='sa_hover_container' style='padding:0% 0%; margin:0px 0%; min-height:0px; '><p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-407\" style=\"margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; border-radius: 6px;\" src=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/PERRIN_IMG2.jpg\" alt=\"\" width=\"1800\" height=\"387\" \/><\/p><\/div>\n<div id='slider_research_slide02' class='sa_hover_container' style='padding:0% 0%; margin:0px 0%; min-height:0px; '><p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-407\" style=\"margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; border-radius: 6px;\" src=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/IMG_4504-1.jpg\" alt=\"\" width=\"1800\" height=\"387\" \/><\/p><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<script type='text\/javascript'>\n\tjQuery(document).ready(function() {\n\t\tjQuery('#slider_research').owlCarousel({\n\t\t\titems : 1,\n\t\t\tanimateOut : 'fadeOut',\n\t\t\tsmartSpeed : 3000,\n\t\t\tautoplay : true,\n\t\t\tautoplayTimeout : 7000,\n\t\t\tautoplayHoverPause : false,\n\t\t\tsmartSpeed : 3000,\n\t\t\tfluidSpeed : 3000,\n\t\t\tautoplaySpeed : 3000,\n\t\t\tnavSpeed : 3000,\n\t\t\tdotsSpeed : 3000,\n\t\t\tloop : true,\n\t\t\tnav : false,\n\t\t\tnavText : ['Previous','Next'],\n\t\t\tdots : false,\n\t\t\tresponsiveRefreshRate : 200,\n\t\t\tslideBy : 1,\n\t\t\tmergeFit : true,\n\t\t\tautoHeight : false,\n\t\t\tmouseDrag : false,\n\t\t\ttouchDrag : false\n\t\t});\n\t\tjQuery('#slider_research').css('visibility', 'visible');\n\t\tvar owl_goto = jQuery('#slider_research');\n\t\tjQuery('.slider_research_goto1').click(function(event){\n\t\t\towl_goto.trigger('to.owl.carousel', 0);\n\t\t});\n\t\tjQuery('.slider_research_goto2').click(function(event){\n\t\t\towl_goto.trigger('to.owl.carousel', 1);\n\t\t});\n\t\tjQuery('.slider_research_goto3').click(function(event){\n\t\t\towl_goto.trigger('to.owl.carousel', 2);\n\t\t});\n\t\tvar resize_965 = jQuery('.owl-carousel');\n\t\tresize_965.on('initialized.owl.carousel', function(e) {\n\t\t\tif (typeof(Event) === 'function') {\n\t\t\t\twindow.dispatchEvent(new Event('resize'));\n\t\t\t} else {\n\t\t\t\tvar evt = window.document.createEvent('UIEvents');\n\t\t\t\tevt.initUIEvent('resize', true, false, window, 0);\n\t\t\t\twindow.dispatchEvent(evt);\n\t\t\t}\n\t\t});\n\t});\n<\/script>\n<br \/>\n&nbsp;<\/p>\n<h3 class=\"bigtitleHOne\">Pr\u00e9sentation:<\/h3>\n<p style=\"text-align: left;\">\n<p>Dans les \u00e9tudes de prot\u00e9omique comparative actuelles, le grand nombre d&rsquo;images g\u00e9n\u00e9r\u00e9es par les gels 2D est actuellement compar\u00e9 \u00e0 l&rsquo;aide d&rsquo;algorithmes d&rsquo;appariement ponctuel. Malheureusement, les diff\u00e9rences de migration du gel et la variabilit\u00e9 de l&rsquo;\u00e9chantillon rendent l&rsquo;alignement des points tr\u00e8s difficile et, par cons\u00e9quent, la plupart des alignements logiciels renvoient une correspondance de gel bruyante qui doit \u00eatre ajust\u00e9e manuellement par l&rsquo;utilisateur.<\/p>\n<p>Sili2DGel (t\u00e9l\u00e9charger) est un algorithme pour l&rsquo;alignement automatique des points qui utilise les donn\u00e9es de l&rsquo;appariement r\u00e9cursif du gel et renvoie des positions d&rsquo;alignement des points significatives (SAP) pour un ensemble donn\u00e9 de gels. Il est bas\u00e9 sur la th\u00e9orie des graphes dans laquelle les donn\u00e9es sont repr\u00e9sent\u00e9es par un graphique et SAP par des sous-graphiques sp\u00e9cifiques. Les r\u00e9sultats sont renvoy\u00e9s sous diff\u00e9rentes formes (gel synth\u00e9tique cliquable, fichier texte, etc.). Pour ex\u00e9cuter Sili2DGel, vous devez installer JRE. Sili2DGel a besoin d&rsquo;un fichier de r\u00e9sultat d&rsquo;alignement r\u00e9cursif (fichier tabulaire de ce formulaire) et d&rsquo;un fichier de coordonn\u00e9es ponctuelles (fichier tabulaire de ce formulaire). Le gamma est compris entre 0 et 1; la force est comprise entre 0 et 2.<\/p>\n<p>Sili2DGel renvoie 5 fichiers:<\/p>\n<p>Donn\u00e9es de graphes et fichiers de r\u00e9sultats de graphes (sauvegard\u00e9s en .tlp) qui peuvent \u00eatre visualis\u00e9s avec le logiciel Tulip.<br \/>\nGel synth\u00e9tique (enregistr\u00e9 au format .svg) qui peut \u00eatre consult\u00e9 avec un explorateur.<br \/>\nR\u00e9sultat de l&rsquo;alignement et fichiers spot rejet\u00e9s (enregistrer au format .xls).<\/p>\n<div>\n<div class=\"pull-middle\">\n&nbsp;<\/p>\n<hr>\n<h3 class=\"bigtitleHOne\">Telechargements:<\/h3>\n<h3><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/Sili2DGel.jar_.zip\"><span class=\"label label-default\" style=\"width: 25%; margin-right: 5px;\">Sili2DGel algorithm <\/span><\/a><a href=\"https:\/\/www.java.com\/fr\/download\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\"><span class=\"label label-primary\" style=\"width: 20%; margin-right: 5px;\">Instalation JRE<\/span><\/a><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/recursive-data.xls.zip\"><span class=\"label label-warning\" style=\"width: 25%; margin-right: 5px;\">Recursive alignment result file <\/span><\/a><a href=\"https:\/\/www.sys2diag.cnrs.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/04\/spot-coord.xls.zip\"><span class=\"label label-warning\" style=\"width: 25%; margin-right: 5px;\">Spot coordinate file <\/span><\/a><\/h3>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>&nbsp; Pr\u00e9sentation: Dans les \u00e9tudes de prot\u00e9omique comparative actuelles, le grand nombre d&rsquo;images g\u00e9n\u00e9r\u00e9es par les gels 2D est actuellement compar\u00e9 \u00e0 l&rsquo;aide d&rsquo;algorithmes d&rsquo;appariement ponctuel. 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