Présentation:
Dans les études de protéomique comparative actuelles, le grand nombre d’images générées par les gels 2D est actuellement comparé à l’aide d’algorithmes d’appariement ponctuel. Malheureusement, les différences de migration du gel et la variabilité de l’échantillon rendent l’alignement des points très difficile et, par conséquent, la plupart des alignements logiciels renvoient une correspondance de gel bruyante qui doit être ajustée manuellement par l’utilisateur.
Sili2DGel (télécharger) est un algorithme pour l’alignement automatique des points qui utilise les données de l’appariement récursif du gel et renvoie des positions d’alignement des points significatives (SAP) pour un ensemble donné de gels. Il est basé sur la théorie des graphes dans laquelle les données sont représentées par un graphique et SAP par des sous-graphiques spécifiques. Les résultats sont renvoyés sous différentes formes (gel synthétique cliquable, fichier texte, etc.). Pour exécuter Sili2DGel, vous devez installer JRE. Sili2DGel a besoin d’un fichier de résultat d’alignement récursif (fichier tabulaire de ce formulaire) et d’un fichier de coordonnées ponctuelles (fichier tabulaire de ce formulaire). Le gamma est compris entre 0 et 1; la force est comprise entre 0 et 2.
Sili2DGel renvoie 5 fichiers:
Données de graphes et fichiers de résultats de graphes (sauvegardés en .tlp) qui peuvent être visualisés avec le logiciel Tulip.
Gel synthétique (enregistré au format .svg) qui peut être consulté avec un explorateur.
Résultat de l’alignement et fichiers spot rejetés (enregistrer au format .xls).