L’unité Sys2Diag a développé différents outils informatiques qu’elle met à disposition pour une utilisation non commerciale.
En cliquant ici > Utiliser PEPOP
Prédiction de peptides antigéniques et/ou immunogéniques (PEPOP Moreau et al., 2008)): des peptides représentatifs de la protéine d’intérêt sont prédits à partir de sa structure 3D. Ces peptides peuvent servir à localiser un épitope, obtenir des Acs ciblant une zone particulière de la protéine, obtenir des paires d’anticorps ciblant deux zones disctinctes d’une molécule afin de développer un immunodosage en sandwich, etc.
En cliquant ici > Utiliser DUP
DUP est une base de données qui référence l’ensemble des protéines urinaires normales décrites dans les articles d’analyse protéomique. Actuellement DUP contient plus de 1800 protéines non redondantes observées dans au moins 1 des 12 publications étudiées. DUP contient des informations générales comme le nom de la protéine ou sa masse moléculaire, des informations sur la description la protéine ainsi que sur sa séquence; le lien avec les articles cités est également disponible interactivement. La liste des protéines urinaires normales peut être visualisée à l’aide d’une interface web facile d’utilisation. Plusieurs outils facilitent l’interrogation de la base de données : deux outils permettent de rechercher une protéine à partir de son numéro d’accession SwissProt/IPI, de mot-clé ou par similarité de séquence. L’ensemble des protéines peut être représenté sous la forme d’un gel 2D virtuel à l’aide d’un outil graphique interactif. La base de données DUP est aujourd’hui, la seule base de données permettant une vision globale du protéome urinaire et pourrait servir de référence pour l’identification de biomarqueurs urinaires dans diverses maladies rénales.
En cliquant ici > Accèder à la page Sili2DGel
Sili2DGel est un algorithme pour l’alignement automatique des points qui utilise les données de l’appariement récursif du gel et renvoie des positions d’alignement des points significatives (SAP) pour un ensemble donné de gels. Il est basé sur la théorie des graphes dans laquelle les données sont représentées par un graphique et SAP par des sous-graphiques spécifiques. Les résultats sont renvoyés sous différentes formes (gel synthétique cliquable, fichier texte, etc.). Pour exécuter Sili2DGel, vous devez installer JRE. Sili2DGel a besoin d’un fichier de résultat d’alignement récursif (fichier tabulaire de ce formulaire) et d’un fichier de coordonnées ponctuelles (fichier tabulaire de ce formulaire). Le gamma est compris entre 0 et 1; la force est comprise entre 0 et 2.
En cliquant ici > Accèder à la page BioNetCAD
BioNetCAD est un outil de conception assistée par ordinateur pour la biologie synthétique se présentant sour la forme d’un plugin de CellDesigner (http://www.celldesigner.org/). BioNetCAD permet la conception de réseaux biochimiques abstraits qui peuvent être implémentés grâce à CompuBioTicDB, une base de données de composants pour la biologie synthétique. BioNetCAD permet aussi de réaliser des simulations avec le logiciel Hsim ( https://www.lri.fr/~pa/Hsim/index.html).