Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le Diagnostic

L'unité Sys2Diag à dévélopé différents outils informatiques qu'elle met à disposition pour une utilisation non commerciale.

      >  Utiliser PEPOP

Prédiction de peptides antigéniques et/ou immunogéniques (PEPOP Moreau et al., 2008)): des peptides représentatifs de la protéine d'intérêt sont prédits à partir de sa structure 3D. Ces peptides peuvent servir à localiser un épitope, obtenir des Acs ciblant une zone particulière de la protéine, obtenir des paires d’anticorps ciblant deux zones disctinctes d’une molécule afin de développer un immunodosage en sandwich, etc.

      >  Utiliser MIMOP 

MIMOP: Prédiction d'épitopes (MIMOP (Moreau et al., 2006)): l'épitope mimé est prédit à partir de la séquences des mimotopes (obtenus par phage display par exemple), de la séquence de l'antigène et (au mieux) sa structure 3D.

      >  Utiliser DUP

DUP est une base de données qui référence l’ensemble des protéines urinaires normales décrites dans les articles d’analyse protéomique. Actuellement DUP contient plus de 1800 protéines non redondantes observées dans au moins 1 des 12 publications étudiées. DUP contient des informations générales comme le nom de la protéine ou sa masse moléculaire, des informations sur la description la protéine ainsi que sur sa séquence; le lien avec les articles cités est également disponible interactivement. La liste des protéines urinaires normales peut être visualisée à l’aide d’une interface web facile d’utilisation. Plusieurs outils facilitent l’interrogation de la base de données : deux outils permettent de rechercher une protéine à partir de son numéro d’accession SwissProt/IPI, de mot-clé ou par similarité de séquence. L’ensemble des protéines peut être représenté sous la forme d’un gel 2D virtuel à l’aide d’un outil graphique interactif. La base de données DUP est aujourd’hui, la seule base de données permettant une vision globale du protéome urinaire et pourrait servir de référence pour l’identification de biomarqueurs urinaires dans diverses maladies rénales.