Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le Diagnostic

Plate-Forme de protéomique clinique

 

Responsables de la plate-forme


> Laurence MOLINA Responsable technique et coordinatrice

> Franck MOLINA Responsable scientifique

contact: laurence.molina@sys2diag.cnrs.fr

Tel : +33 4 67 04 74 72

 

 

Demande de prestation

Les demandes de prestations sont à faire sur le site du Pôle Protéomique de Montpellier (PPM). Il vous faudra sélectionner dans le champs contact préalable : Plate-forme de protéomique clinique (SYS2DIAG) pour que votre requête nous soit acheminée.

> Accedez au formulaire du PPM en cliquant sur ce lien

 

Missions

La Plate-forme de Protéomique Clinique (PPC) vise à exploiter les derniers développements technologiques et bioinformatiques en protéomique pour la découverte et la validation de biomarqueurs dans des pathologies humaines complexes.

Les missions fixées pour la plate-forme protéomique clinique s’articulent autour de 2 axes :

- Développer de nouvelles approches méthodologiques pour la protéomique clinique dans le domaine de la préparation des échantillons biologiques (préfractionnement, enrichissement en protéines faiblement abondantes, ...), de la séparation des protéines et de l’analyse bioinformatique des données.

- Rendre disponible aux équipes académiques et industrielles régionales et au-delà, une expertise médicale, biologique et technique en Protéomique Clinique.

Cette plate-forme est une plate-forme du Pôle Protéome de Montpellier (PPM), structuration régionale des moyens technologiques en analyse protéomique. Le PPM est référencé "Grand Plateau Technique pour la recherche et l'innovation" en Languedoc-Roussillon et labellisé plateforme IBiSA.

 

Compétences

[Biochimie]

●  Aide à la conception des expériences protéomiques

● Préparation des  échantillons biologiques pour l’analyse protéomique (préfractionnement,  enrichissement protéique, …)

●  Séparation des protéines par électrophorèse (1D et 2D)

●  Analyse d’image (Progenesis Samespot, Sili2Dgel)

●  Protéomiques quantitative et qualitative

●  Dosages multiplexés

[Biostatistique/Bioinformatique]

● Management des données : Contrôle qualité des données, identification des biais, traitement préliminaire des données (normalisation, soustraction du bruit de fond)

● Analyses fonctionnelle des réseaux biologiques de protéines

[Peptides arrays – analyse d’interactions]

● Synthèse rapide d’un grand nombre de peptides différents sur membrane de cellulose (peptide arrays) pour la cartographie et la caractérisation d’épitopes et de sites d’interactions. La réactivité est facilement évaluée par des tests de type immuno-révélation.

[Microfluidique]

● Plateau d’analyses microfluidiques en phases homogènes et hétérogènes (droplets, vesicules, cellules)

 

Equipements

●  Séparation des protéines en gel mono et bi-dimensionnel et analyse d’image (Accès MS)

●  Analyse multiplexées de type luminex® (Bioplex®, Biorad)

●  Logiciels en biostatistiques, analyses de réseaux et en mathématiques: R, Cytoscape

● Serveurs de calcul et de stockage.

● Robot de synthèse  Multipep (Intavis)

● Système d’analyse microfluidique (Microscope fluorescence, lasers, micro-pompes, cameras haute vitesse, etc.)

 

Son équipe

● Franck MOLINA (DR CNRS) Responsable scientifique
● Laurence MOLINA (IR CNRS) : biochimie, bioinformatique, microfluidique
● Nicolas Salvetat (CP Alcediag) : biostatistiques, bioinformatique
● Christophe Nguyen (IE CNRS) : chimie des peptides, biochimie, microfluidique

 

Accés

La plate-forme accueille les projets du laboratoire mais aussi les projets d’équipes de recherche  académiques ou privées sous forme de collaborations (ou de prestations). La Plateforme offre une expertise et des moyens techniques en biochimie, en biostatistiques, en bioinformatique, en microfluidique et en chimie du peptide appliqués aux domaines de la protéomique clinique.
Les demandes de prestations sont à faire sur le site du Pôle Protéomique de Montpellier (PPM). Il vous faudra sélectionner dans le champs contact préalable : Plate-forme de protéomique clinique (SYS2DIAG) pour que votre requête nous soit acheminée.

●  Accedez au formulaire du PPM en cliquant sur ce lien

 

Qualité

Afin de pleinement souscrire aux critères de qualité des plates-formes IBiSA, le Pôle Protéome de Montpellier s'est engagé dans une démarche qualité en vue d'une certification ISO 9001 version 2008 en avril 2015, pour le domaine : "Recherche, expertise et prestations en protéomique dans les domaines de la biologie et de la santé".

  

Publications

Toledo-Machado CM, Bueno LL, Menezes-Souza D, Machado-de-Avila RA, Nguyen C, Granier C, Bartholomeu DC, Chávez-Olórtegui C, Fujiwara RT. (2015) Use of Phage Display technology in development of canine visceral leishmaniasis vaccine using synthetic peptide trapped in sphingomyelin/cholesterol liposomes. Parasit Vectors. 8(1):747.


Dias-Lopes C, Felicori L, Guimarães G, Rubrecht L, Cobo S, Molina L, Nguyen C, Kalapothakis E, Machado de Avila R, Duarte CG,  Galéa P, Granier C, Molina F, Chávez-Olortegui C (2014). Vaccine. 32: 2086–2092

Malaud E, Merle D, Piquer D, Molina L, Salvetat N, Rubrecht L, Dupaty E, Galea P, Cobo S, Blanc A, Saussine M, Marty-Ané C, Albat B, Meilhac O, Rieunier F, Pouzet A, Molina F, Laune D, Fareh J (2014). Atherosclerosis. 233, 551-558.


Molina L, Fasquelle L, Nouvian R, Salvetat N, Scott HS, Guipponi M, Molina F, Puel JL, Delprat B (2013) Tmprss3 loss of function impairs cochlear inner hair cell Kcnma1 channel membrane expression. Hum Mol Genet. 22(7): 1289-1299.


Roubille F, Delseny D, Cristol JP, Merle D, Salvetat N, Larue C, Davy JM, Leclercq F, Pasquie JL,  Guerrier L, Fareh J, Dupuy AM (2013) Depletion of proBNP1-108 in Patients with Heart Failure Prevents Cross-Reactivity with Natriuretic Peptides. PLoS ONE, 8(9): e75174.


Abraham JD, Promé S,  Salvetat N, Rubrecht L, Cobo S, du Paty E, Galéa P, Mathieu-Dupas E,  Ranaldi S , Caillava C,  Crémer GA,  Rieunier F, Robert P, Molina F, Laune D, Checler F, Fareh J (2013) Translational Psychiatry. 3, e281.


Malaud E, Piquer D, Merle D, Molina L, Guerrier L, Boschetti E, Saussine M, Marty-Ane C, Albat B, Fareh J (2012) Carotid atherosclerotic plaques: proteomics study of low-abundance species. Electrophoresis. 33(3):470-82

Ranaldi S, Caillava C, Promé S, Rubrecht L, Cobo S, Salvetat N, du Paty E, Galea P, Aldrian G, Le Nguyen D, Krolak-Salmond P, Molina F, Laune D, Checler F, Fareh J, Abrahama JD (2012) N-truncated A peptides in complex fluids unraveled by new specific immunoassays. Neurobiology of Aging, 34(2):523-39.